【就这么发了这个贴，不过一时还真不知道该说什么，发此贴的缘由是群里看到人说相关论文出来了，不过那篇论文（Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission）目前我还没看完……】
反正首先介绍一个A mathematical model for simulating the transmission of Wuhan novel Coronavirus吧……因为这个没啥好介绍的

A mathematical model for simulating the transmission of Wuhan novel Coronavirus
January 2020
DOI: 10.1101/2020.01.19.911669
Tianmu Chen，Jia Rui，Qiupeng Wang， Show all 6 authors【我也没办法qwq这个点不开】 Ling Yin
原文连接https://www.researchgate.net/publication/338691998_A_mathematical_model_for_simulating_the_transmission_of_Wuhan_novel_Coronavirus

标题即模拟武汉新型冠状病毒传播的数学模型。
此文为preprint【我现在在家，没办法查阅文章正文，另外很多东西其实都查不到】只有其Description，类似于简介的东西，查询自researchgate。
【说实话数学模型之类是本人比较感兴趣的领域，如果有人能下载原文的话容我伸个手】
Description翻译如下
“据世界卫生组织报道，一种新型冠状病毒（2019-nCoV）于2020年1月7日被官方确认为武汉市不明原因肺炎的致病病毒。在本研究中，我们建立了蝙蝠-宿主-Reservoir-人群传播网络模型，以模拟从感染源（可能是蝙蝠）到人类感染的潜在传播。由于蝙蝠-宿主-Reservior网络难以明确探索，且公众关注的焦点集中在从海鲜市场（Reservoir）向人群的传播上，我们将模型简化为Reservoir-人群传播网络模型。根据RP模型计算基本复制数（R0），以评估2019-nCoV的传染性。”
========
其中Reservoir一词未找到合适翻译，此词本意为水库、蓄水池、储备之意，结合语境很好理解，应该是指一个存在多数Hosts和潜在Hosts的地方，不过应该有对应的专业名词。
“蝙蝠-宿主”原文为“Bats-Hosts”，如果机翻会直接翻译为“蝙蝠宿主”，但个人分析Hosts指的是另一种宿主{即所谓的各种野味}。

{如题，这应该是一篇有关于传播的数学模型，没看原文却加以推断是不合理的行为【这里有一个原因是为了防止你们觉得我钓鱼，尽管现在也还是很水】，今天网上介绍很多的那篇文章（即Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission）也涉及“model”，不过是结构模型，偏向感染机制方面，而非传播方面。考虑大家的关注点，传播相关的内容可能会得到更多人的关注，请注意模型毕竟是模型，而且这是新病原体。所谓事实是事实，理论是理论，模型不可能考虑到所有的影响因素，所以不要因模型而恐慌或怀疑。}

【话说写着写着突然觉得心虚，搬运翻译论文这事合法吗，有没有人懂的……】

【一脸懵逼，我就编辑个帖子，怎么突然这么多回复……话说那篇要明天了】

刚刚突然发现CSDN有一篇这个论文的译文【昨天0点就发了，而我现在还没翻译完qwq我还没看，不过瞥了一眼编译，应该肯定比我强】
连接https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/104066882
【话是这么说，回头我翻译完了还是会发的】

Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission

Xintian Xu1†, Ping Chen2,5†, Jingfang Wang3†, Jiannan Feng4, Hui Zhou2, Xuan Li2*, Wu Zhong4* & Pei Hao1,5*

1 Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institute Pasteur of Shanghai, Center for Biosafety Mega-Science, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China;

2 Key Laboratory of Synthetic Biology, CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China;

3 Key Laboratory of Systems Biomedicine, Ministry of Education, Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China;  

4 National Engineering Research Center for the Emergence Drugs, Beijing Institute of Pharmacology and Toxicology, Beijing 100850, China;

5 The Joint Program in Infection and Immunity: a. Guangzhou Women and Children’s Medical Center, Guangzhou Medical University, Guangzhou 510623, China; b. Institute Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China

 

Received January 16, 2020; accepted January 20, 2020; published online January 21, 2020

以上是复制的标题和作者

标题即为《武汉新型冠状病毒的进化来源和传染人的分子作用通路》（使用网络译名），文章属于“letter to editor”，这种文章一般送交外审较少，但内容也会经过严实的审查，所以内容也比较可信{选择这种方式可能是为了尽快传达信息}。

然后，可见收到日期1.16，接收日期为1.20，所以近几天的最新信息可能没有那么及时。

 

{本人无意冒充作者或商用，也请勿转载或挪作他用}

连接http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SCLS/doi/10.1007/s11427-020-1637-5?slug=fulltext

 

正文如下：

“Dear Editor，

在湖北省武汉市发生的密集的肺炎案例与2019.12.30首先被武汉市卫生委员会报道。（WHO，2020）发现这些肺炎案例与武汉的一个大型海产、动物市场有关，当地政府迅速进行了卫生设施和消毒的相关措施。疾控中心（CDC）和中国卫生主管部门在之后查明和宣布：一种新型冠状病毒（CoV），即指Wuhan-CoV，引发了武汉市的肺炎爆发。（CDC，2020）复数组科学家从住院患者取得了病毒样本。（Normile，2020）分离的病毒于在电镜下观察，在形态学上相同。“

{这些是相关的背景，其实大家应该也都比较清楚，需指出“爆发”一次翻译自“outbreak”，并不含当时已经很严重之类的意思。分离的病毒在电镜下观察相同，可能说明是同一种病毒引发的}

“第一个Wuhan-CoV基因组序列（WH-Human_1）于2020.1.10发表，随后另外五个基因组序列发表。（Zhang，2020；Shu and McCauley，2017）（表格S1）这一目前的突发公共卫生事件，在一定程度上类似于2002年中国南方爆发的SARS疫情。两者都是发生在冬季，初始案例与暴露于动物市场中售卖的活体动物有关，并且两者都是由以前未知的冠状病毒引发。截至2020.1.15，有超过40例由实验室条件确诊的武汉冠状病毒感染和一例死亡。虽然没有人传人的明显证据，但已在中国香港、日本和泰国有出口的病例。“

{关于“出口的病例”这个愚蠢的翻译……原文exported cases，因为涉及香港，所以没有翻译成境外病例。而目前的公共卫生事件，即原文“the current public health emergency”，当然知道是什么意思，不过还是直译了。S1指Supporting Information 1，为了保证连续性，先说完正文再考虑说不说}

{现在是认为存在人传人，文中所述是15号的情况。}

“对于目前的公共卫生事件，急迫需要研究Wuhan-CoV的起源和原始宿主（们），并且评估这种新型冠状病毒在跨物种和人际传播的公共安全风险。为了解决这些有关武汉的（肺炎）爆发的致病因子的重要问题，我们初步对Wuhan-CoV和过去感染人的SARS-CoV和中东呼吸综合征（MERS）-CoV（Cotton et al.，2013）的基因组序列进行了对比。六个Wuhan-CoV的基因组序列几乎相同（图片S1A）。（所以）在对比过程中使用WH-Human_1作为Wuhan-CoV的代表。（Wuhan-CoV）与SARS-CoV的序列同源性较MERS-CoV高。（图片S1B）Wuhan-human_1与SARS-CoV_Tor2序列多样性高的区域主要在ORF1a和spike（S蛋白）基因，Wuhan-CoV 和MERS-CoV序列同源性则普遍较低。“

{在六个基因组序列几乎相同的前提下，用一个序列代替是合理的，并不意味着用六个就会得到不同的结论。关于序列同源性，个人觉得那些说什么80%相同或者70%相同的，其信息来源都不太可信，因为那根本说明不了任何问题。此处指出与SARS的序列同源性比与MERS的序列同源性高，这意味着在进化的亲缘关系上与SARS比较近，并不能因此认为会造成与SARS同样的后果。}

{提到的ORF1a应是指开放阅读框1a，具体可能要专业人员才知道，不过综合网上的信息，应该与病毒复制有关。而spike蛋白即“刺蛋白”，是一种第一类膜融合蛋白，包含S1和S2两个序列，其中S1包含受体结合区（RBD），在后文也有提到，而ACEⅡ也是主要的冠状病毒受体之一。}

{有关S蛋白的信息来自http://blog.sciencenet.cn/blog-2484430-897663.html等}

“为了理解Wuhan-CoV的起源和它与其他冠状病毒的遗传关系，我们对多个来源的冠状病毒序列组进行了遗传多样性分析。结果表明，Wuhan-CoV在遗传树中成簇分布，属于Betacoronavirous属，这是一种包装的，单链RNA病毒，主要感染野生动物，牲畜和人，造成时常的爆发和无明显症状的较频繁的感染。Wuhan-CoV簇与SARS/类SRAS冠状病毒相邻，蝙蝠冠状病毒HKU9-1为直接外群。其内部紧邻类群为SARS/类SRAS冠状病毒，包括感染人类的种类（图1，红星标注）临近类群和外群 的多数种类以蝙蝠为自然宿主，如Rousettus bats中的蝙蝠冠状病毒HKU9-1和hku3-1，Pipipstrellus bats中的HKU5-1.所以，可以符合逻辑且方便地推断蝙蝠是Wuhan-CoV的自然宿主，尽管在蝙蝠到人的传播过程中仍可能存在中间宿主（们）。基于Wuhan-CoV的特殊的遗传位置的推断，它很可能与SARS/类SRAS冠状病毒有一个与蝙蝠冠状病毒HKU9-1相似的祖先.然而，频繁的重组可能会模糊其（进化）路径，这可以从他们基因组的高同源序列斑块得到证据。（图S1B）

{如图，其中有红星表示的即为感染人的类群，而红字的部分就是Wuhan-CoV，可见那个HKU9-1是武汉冠状病毒和SARS等病毒的外群。不过本人有点看不懂这个树，因为我没有搞懂为什么这六个序列作为类似六个物种进行建树，这样的话其使用的序列数似乎有些过少，文中亦未提及具体建树方法（如果是NJ树，那么这根本不靠谱）。不过本人没有做过病毒的系统发育相关内容，所以不能进一步判断【因为进化树这个方面属于本人比较了解的领域，所以措辞也比较自信一点】一般来讲，进化树的分支不会是这么“明确“的，都是某种概率性的东西，而从数据发表到论文收到，只经历了不到一周，这有可能是因为使用了足够强大的计算机，不过还是有点快，当然，这不意味着我怀疑文中的结论，我只是觉得这个说法有点武断。文中核心内容应该还是后面的感染机制。}

{斑块翻译自patch，原意类似补丁，小块布等，个人觉得这个词的翻译很不利于理解，所以单独说一下，在此处基本上类似于“小块”，“片段”的意思。}

{“造成时常的爆发和无明显症状的较频繁的感染。”一句，估计是看不懂，我是直译的，因为英语也看不懂，我注意到有翻译成“造成时常的爆发，更频繁的时候是无明显症状的感染”的，这样从文义上是通顺的，也符合常识，但我从英语没法翻译出这个意思}

“总之，Wuhan-CoV与感染人的SARS-CoV有可观的距离，与MERS-CoV距离更远。这一观察提出了一个重要问题：Wuhan-CoV和SARS-CoV、MERS-CoV在跨物种/人类感染中是共用相同的动力学机制，还是产生了新的不同的传播动力学机制。“

{以上，与网上说的它们亲缘关系很近的说法不同}

“冠状病毒的S蛋白分为两个功能亚单位，S1和S2，S1通过与宿主的受体结合促进感染。它包括两个结构域，N端结构域和C端的直接与宿主受体结合的RBD结构域（Li，2012）.为了调查Wuhan-CoV和它的宿主的交互关系，我们调查了它的S蛋白的RBD结构域。S蛋白相比冠状病毒的ORF1a和ORF1b通常有更易变的氨基酸序列。（Hu et al., 2017）然而，不论Wuhan-CoV的S蛋白和SARS-CoV的总体上同源性较低，Wuhan-CoV的S蛋白的RBD结构域与SARS-CoV_Tor2和HP03-GZ01的有着数个高同源性斑块。SARS-CoV的S蛋白在位置442，472，479，487和491的残基据报道处于受体的复杂的接触面上，被认为对SARS-CoV的跨物种传播和人际传播有关键作用。（Li et al.，2005）不论高度保守区域的斑块，在Wuhan-CoV除了Tyr491之外的四之五个关键氨基酸均不同。（图1B）尽管替代氨基酸的极性和疏水性相似，它们举出了严肃的问题即Wuhan-CoV是否也是通过S蛋白与ACE2蛋白结合感染人类的，以及对于人际传播风险来说，这种相互作用的强度如何。注意到MERS-CoV的S蛋白与SARS-CoV在RBD结构域展示出很低的同源性，由于其S蛋白的结合目标不同，是DPP4{而非ACE2}（Raj et al.， 2013）.“

{DPP4与本贴无关}

{图1B 左侧为序列来源，文中就已标出关键氨基酸，可见除491号外其余均发生变化。}

“为了回答这些重要的问题和分析Wuhan-CoV的人类传播风险，我们建立了它的S蛋白的一个结构模型并分析了它和文人ACE2分子结合的能力。基于计算机控制的同源模型方法，以SARS冠状病毒的S蛋白（PDB accession号：6ACD）为模板，利用Swiss-模型法构造Wuhan-CoV的结构。注意Wuhan-CoV的和SARS冠状病毒的S蛋白氨基酸序列一致性为76.47%。其后通过SARS-CoV的S蛋白的RBD区域与它的受体ACE2（PDB accession号：2AJF），利用结构超复合和分子刚性对接，模拟了Wuhan-CoVS蛋白与人ACE2蛋白结合的3D复杂结构。（Li et al .， 2005）（图1C）“

{生信相关技术，我只会一点皮毛，其实就是啥都不会，不敢评论。图一C如下

}

“Wuhan-CoV的S蛋白的计算机模型（以WH-human_1序列为代表）与SARS-CoV的S蛋白结构相比，在RBD结构域表现出1.45埃的CαRMSD。S蛋白与人ACE2蛋白的结合能，通过MOE2019软件，用琥珀ff14SB力场参数计算。（Maier et ak.， 2015）. Wuhan-CoVS蛋白和人ACE2蛋白的结合自由能为-50.6 kcal mol­,而SARS-CoV的S蛋白的为-78.6 kcal mol­,-10 kcal mol­,一般被认为是明显的。由于因Arg426替换为Asn426失去的氢键连接，Wuhan-CoV的S蛋白与SARS-CoV比较升高了28 kcal mol­。尽管相对减弱，但Wuhan-CoV的S蛋白仍然与人ACE2 有着明显的结合倾向性。出乎我们的预料，尽管替换了四之五的重要界面氨基酸残基，Wuhan-CoV的S蛋白仍然与人ACE2 有着明显的结合倾向性。进一步观察，位置442、472、479、487的替换残基并没有改变结构特征在RBD区域，Wuhan-CoV的S蛋白和SARS-CoV的S蛋白有着几乎相同的3D结构，因此在接触界面保存了相似的范德华力和静电特性。“

{相比较群里转发的所谓“劲儿比较小“，原文并未明确给出类似意思。}

“作为总结，我们的研究展示了Wuhan-CoV和SARS/类SRAS冠状病毒具有一个类似蝙蝠冠状病毒HKU9-1的共同祖先。我们的工作重点在于Wuhan-CoV的S蛋白的RBD结构域支持与人ACE2蛋白的强烈的相互作用，不论它与SARS-CoV的S蛋白的多态性这一重要发现因此Wuhan-CoV通过S蛋白-ACE2结合途径，存在明确的人类传播风险。公众也要注意这种风险和冠状病毒的跨物种、人际传播的动力学也受很多其他因素，如宿主的免疫应答、病毒复制效率、病毒突变率等的影响。“

{其实原文的说法还是很中立的。这一段的翻译尽可能直译了，看起来可能多少有点难受，那个重要发现即Wuhan-CoV的S蛋白的RBD结构域虽然与SARS的很不同，但仍能强烈结合ACE2这一点。}

【相关学术纠纷此帖不讨论，本人反正是带着善意考虑这件事的。然后有看不懂的地方尽管问我，反正我一般也不知道。】

然后原图如下

【感觉这翻译比想象中要难得多】
{另外，现在至少有19个毒株进行了基因组测序和公开了【说真的，好快】}
【还有，不负责任的说，上面说的这项研究并不一定是最终结果，因为有些东西要经过进一步的计算】

稀里糊涂 我大概只能理解到冠状病毒变异频率高于SRAS,但感染率和结合能力都弱

{其实我看不出来有关变异频率的内容……结合能力这个结构模型给出的结论是虽然较SARS弱，但是仍然很强，不过这个模型是用SARS的蛋白做模板，刚性对接（另一种技术我完全不懂）做的，所以不一定和实际相符（但凡是模型都不一定和实际相符，不过单讲一个对接，不相符的可能性应该比较高），后续应该会有进一步的模型。}

【刚刚看到石正丽团队发了Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin，然而我还是找不到原文】

xhh小外 【刚刚看到石正丽团队发了Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans ...

https://pan.baidu.com/s/1tI2lW2I_H-iKGjd9JkaU8w
提取码:7p76
刚才提到的文章，我还没看，出自biorxiv
【本人没有冒充作者或者用作商用的意图，也请勿挪做他用】

xhh小外 【刚刚看到石正丽团队发了Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans ...

1，2019年12月12日，第一例病例。
2，2020年1月20日，实验室确认198病例。
3，在早期从五名患者取样，进行了基因组检测。
4，与SARS冠状病毒有79. 5%的序列同一性。
5，与一种蝙蝠冠状病毒有着96%的序列同一性。
6，新型冠状病毒属于SARSr-CoV。
7，已分离得到毒株。
8，已验证是通过与ACE2结合。
｛以上内容概括自上文简介部分，这篇文章比较长，我会尽快尝试翻译剩下的部分，不过今天是不可能了｝

【接下来有可能会放弃翻译全文，只是节选进行翻译，事实上看了前几篇论文很让我觉得失望，但这篇文章突然感觉，是的，现在科技已经发展了，结果一定会比曾经更好】

 Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in  humans and its potential bat origin 
 （一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源）
 
Peng Zhou1*, Xing-Lou Yang1*, Xian-Guang Wang2*, Ben Hu1, Lei Zhang1, Wei 
 
Zhang1, Hao-Rui Si1,3, Yan Zhu1, Bei Li1, Chao-Lin Huang2, Hui-Dong Chen2, Jing 
 
Chen1,3, Yun Luo1,3, Hua Guo1,3, Ren-Di Jiang1,3, Mei-Qin Liu1,3, Ying Chen1,3, Xu-
 
Rui Shen1,3, Xi Wang1,3, Xiao-Shuang Zheng1,3, Kai Zhao1,3, Quan-Jiao Chen1, Fei 
 
Deng1, Lin-Lin Liu4, Bing Yan1, Fa-Xian Zhan4, Yan-Yi Wang1, Geng-Fu Xiao1, 
 
Zheng-Li Shi1†

Affiliations:  
 
1CAS Key Laboratory of Special Pathogens, Wuhan Institute of Virology, Center for 
 
Biosafety Mega-Science, Chinese Academy of Sciences, Wuhan, People’s Republic 
 
of China 
 
2Wuhan Jinyintan hospital, Wuhan, China 
 
3University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China 
 
4Hubei Provincial Center for Disease Control and Prevention, Wuhan, People’s 
 
Republic of China 
 
*These authors contributed equally.

照例，以上是复制的标题和作者，然后接下来是正文，不过我想着，英语论文看不懂，那也不是因为英语，其实中文论文也还是看不懂，所以我觉得语言上还是机翻加修改吧，然后尽量加上一些基础知识，争取让人能看懂。
{本人无意冒充作者，无意商用，请勿挪作他用，另外如果对原作者造成任何损害愿意立刻删除}
{请注意这是preprint【不过个人感觉这种文章根本不需要在意这个】}


“自18年前非典爆发以来，我国已在它们的天然宿主蝙蝠中发现了大量严重急性呼吸综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV）。先前的研究表明有些这种蝙蝠的冠状病毒有可能感染人类。在这里我们报告一种在武汉引起了人类急性呼吸综合征的流行的新型冠状病毒（nCoV-2019）的鉴定和特性。这场疫情始于2019年12月12日，2020年1月20日已造成198个实验室确诊感染，3例死亡病例。在患者中，有5例在疾病爆发早期获得了基因组序列。它们几乎完全相同，共有79.5%的序列同源SARS冠状病毒。此外，发现nCoV-2019为96%在全基因组水平上与蝙蝠冠状病毒同源。成对蛋白质7个保守的非结构蛋白序列分析表明该病毒属于SARSr-CoV的一个种。然后分离出nCoV-2019病毒从一个危重病人的支气管肺泡灌洗液中，（该病毒株）可以被几个病人的血清中和。重要的是，我们已经确认了这种新型的冠状病毒使用与SARS冠状病毒相同的细胞进入受体ACE2。”
{上面的内容昨天已经概括过了，需要注意的，一，属于SARSr-CoV，r是related的意思，但这并不是说这次的新冠状病毒是SARS-CoV，当然，应该大家也都知道了，不过似乎衍生出来各种谣言……二，病毒株可以被血清中和，应该是指血清中含有该病毒株的特异抗体，这可以作为该病毒株就是要找的病毒株的证据，不过听说好像也有了有关抗体的内容的谣言……【说实话造谣的都是什么心态】}


冠状病毒在过去二十年中造成了两次大规模的大流行，SARS和中东呼吸综合征（MERS）[8,9]。一般认为，SARSr-CoV主要存在于蝙蝠体内，可能会导致未来的疾病爆发[10,11]。我们在这里报告在华中地区（扩展数据图1）湖北武汉发生的一系列不明肺炎疫情。从当地的新鲜海鲜市场开始。据当局统计，到目前为止疫情已导致198例实验室确诊病例，其中3例死亡 [12]。这些病人的典型临床症状是发烧，干咳，呼吸困难、头痛和肺炎。疾病发作可能导致进行性肺泡损伤导致呼吸衰竭，甚至死亡。疾病是临床医生根据临床症状判定为病毒性肺炎，包括体温升高，淋巴细胞和白血球细胞减少（有时后期正常），胸部有新的肺浸润造影，抗生素治疗3天无明显改善。它早期的大多数病例似乎都有与起源海鲜市场的接触史，到目前为止，还没有观察到大规模的人与人之间的传播。

{结合简介部分，其“目前”应该指的是2020.1.20}

“7名重症肺炎患者的样本（6名是海鲜市场小贩或者运输者），在疾病爆发之初就被送进了重症监护病房，被送往WIV实验室进行病原体诊断（扩展数据表1）。作为一个 CoV实验室，我们首先使用pan-CoV-PCR引物检测这些样本[13]，考虑到暴发发生在冬季和市场，环境与SARS相同。我们发现5个PCR阳性。支气管肺泡灌洗液（BALF）样本（WIV04）通过下一代测序的亚基因组分析进行分析（NGS）识别潜在的病原。在之后获得的1582个总读取数中人类基因组过滤，1378个（87.1%）匹配的SARSr-CoV序列（图1a）。通过从头组装和靶向PCR，我们获得了29891bp的CoV基因组，与SARS-CoV BJ01（GenBank access号AY278488.2）共有79.5%的序列同源性年。此序列已提交给GISAID（access号EPI_ISL_402124）。根据WHO的命名，我们暂时称之为新型冠状病毒2019（nCoV-2019）。随后从其他四名患者处获得的nCoV-2019的四个全基因组序列（WIV02、WIV05、WIV06和WIV07）（access号EPI_ISL_402127-402130）在99.9%以上相同（扩展数据表2）。
{WIV应该是Wuhan Institute of Virology, 支气管肺泡灌洗（BAL）是收集肺泡表面有效液体，检查其细胞成分和可溶性物质的一种方法，见https://baike.baidu.com/item/支气管肺泡灌洗术/7872013?fr=aladdin 【百度百科】 NGS，下一代测序，应该是指高通量测序技术，相关可看https://www.jianshu.com/p/6928996737d9，}


{有些东西吃不准……我再收集一些资料再说}

{近期看到的文献往往不再是OA文献了，所以……我没有资格去翻译……以后会去找一些NEWs类的东西翻译一下，然后有了比较重大的发现会简单翻译一下，以上……}

=========================================================================

武汉海鲜市场可能不是新病毒在全球传播的源头             

作者：Jon CohenJan。2020年11月26日晚上11:25

 

来源为https://www.sciencemag.org/news/2020/01/wuhan-seafood-market-may-not-be-source-novel-virus-spreading-globally

（Science News）

原文如下

“

随着一种新型病毒的确诊病例数目以令人担忧的速度在全球范围内激增，到目前为止，所有人的目光都集中在华夏武汉的一个海鲜市场，认为这是疫情的源头。但上星期五发表在《柳叶刀》上的第一批临床病例的描述对这一假设提出了质疑。

这篇论文由来自多家机构的大量华夏研究人员组成的团队撰写，详细介绍了首批的41名确诊感染了被称为2019新型冠状病毒（2019 nCoV）的住院患者。作者报告说，最早的病例是在2019年12月1日患病，与海鲜市场没有发现联系。“在第一个病人和后来的病例之间没有发现流行病学联系”。他们的数据还显示，41起案件中，总共有13起与市场无关。乔治敦大学传染病专家Daniel Lucey说：“这是一个很大的数字，13个，没有联系。”

华夏卫生当局和世界卫生组织早些时候的报告曾说，第一名患者于2019年12月8日出现症状，这些报告只是说“大多数”病例与海鲜市场有关，该市场1月1日关闭。

Lucey说，如果新的数据是准确的，因为在感染和症状出现之间有一个潜伏期，那么第一次人类感染必须发生在2019年11月或更早。如果是这样的话，病毒可能会在武汉和其他地方的人之间悄无声息地传播，直到12月底，武汉市现在众矢之的的华南海鲜批发市场发现了这一系列病例。Lucey表明观点，“病毒在从市场出来之前就进入了那个市场”。

鲁西说，《柳叶刀》的数据也对华夏提供的初始信息的准确性提出了质疑。疫情爆发之初，官方的主要信息来源是武汉市卫生委员会的通知。其1月11日的通知开始，将41名患者列为仅有的确诊病例，直到1月18日计数保持不变。通知没有说明海产品市场是源头，但他们反复指出，没有证据表明存在人与人之间的传播，而且大多数案件都与市场有关。由于武汉市卫生委员会指出，到1月10日，诊断测试已经证实了这41例病例，官员们大概知道每个病人的病史。Lucey告诉《ScienceInsider》的记者，“华夏肯定已经意识到这种流行病并非源自武汉华南海鲜市场”。 （昨天，美国传染病学会（infective Disease Society of America）的《科学演讲》（Science Speaks）在网上发表了一篇采访，Lucey也在其中谈到了自己的担忧。）

斯克里普斯研究所（Scripps Research Institute）的进化生物学家Kristian Andersen分析了2019_nCoV的序列，试图澄清其来源。他说，在《柳叶刀》的论文中，12月1日这个首次确诊病例的时间是“一个有趣的小报道”。他说：“有人在市场之外受到感染，然后再将其带到市场上，这是我们认为的三种情况之一，这也与数据相符。据我们目前的数据和知识，这是完全合理的。”另外两种情况是，来源是一组受感染的动物或一只进入市场的动物。

Andersen于1月25日在一家病毒学研究网站上公布了他对2019_nCoV的27个可用基因组的分析。这表明他们有一个早在2019年10月1日的“最近的共同祖先”（意味着一个共同来源）。

首都医科大学的Bin Cao是那篇《柳叶刀》文章的对应作者，也是一位肺科专家，他在给《ScienceInsider》的email中写道，他和他的合著者“欣赏来自Lucey的批评”。

他写道：“海鲜市场并非病毒的唯一来源似乎是明确的。但说实话，我们到现在仍不知道病毒从何而来。”

Lucey指出，尽管后来的研究将导致MERS的冠状病毒（一种有时是偶发的致命疾病）追溯到2012年4月约旦的一次早期医院爆发的不明原因肺炎，但其是2012年6月从沙特阿拉伯的一名患者身上发现的。从约旦死亡的两人处储存的样本证实他们曾感染了这种病毒。他建议，在华夏对人和动物（包括其他动物市场的供应商）的血液样本进行回顾性分析，可能会揭示2019_nCoV起源的清晰图景。他说，“在噪音中可能有一个清晰的信号”。

”

{本人无意冒充作者或商用，也请勿转载或挪作他用}

{华夏为个人翻译所致……原因……}

【对了，因为我自己看论文还是比翻译快得多的……所以或者也有时间来写小说了/滑稽】

稀里糊涂 所以，大佬还不抓紧时间筹备新书嘛/滑稽/

【说来惭愧，这新书已经筹备了半年了，现在大纲还没整利索】

【这段时间又开始闹学术纠纷（这个不算学术纠纷），这次指向了高福院士……还真是不懂这些指责的人到底是为了啥（源头应该是恶意造谣，但跟风的人感觉比想象的多得多）】
【…………反正只要阴谋论就有市场……（已删掉个人情绪明显的部分）】

【另外，这篇文章是NEJM，新英格兰医学期刊（说来惭愧，以前我从没听说过……医学期刊，而其影响因子似乎远超SNC）。】

{DOI号10.1056/NEJMoa2001316}

{文章早就有译文了（而且我也没资格翻译）http://m.kdnet.net/share-13581695.html 在后面的其他贴文里也能找到官方回应的原文}

 【说来惭愧，沉迷瘟疫公司，这两天没关注相关信息……】

{最近又在传关于药物注册专利的事情……我的另一个帖子https://acgn.zone/thread-5953.htm里提到了iNature有一篇《……30种药物有效……》的文章，见下图编号6，那时是26号（指的是我发帖的时候，实际上这个事件要早很多，官方认定为21号）而NEJM报道第一个病例是在31号，其中提到使用瑞德西韦是在26号晚上，考虑到时差，是中国27号，换言之……至少论坛里的人没有必要去质疑这件事。}

 

图片来自iNature《新年好消息！30多种药物有效，蒋华良/饶子和院士领衔发现对2019-nCoV有治疗作用的药物。》https://mp.weixin.qq.com/s/heGDQullhyAb9PrXDvkDwQ

Update: ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion
By Martin Enserink  Feb. 12, 2020 , 2:40 PM

来源： https://www.sciencemag.org/news/2020/02/bit-chaotic-christening-new-coronavirus-and-its-disease-name-create-confusion
“有点混乱“新冠状病毒命名和它引发的疾病命名产生了困扰
“COVID-19。我来拼一下：C，O，V，I，D，连字符，一，九。COVID-19。”
世界卫生组织（WHO）主席Tedros Adhanom Ghebreyesus就是这样介绍这一新疾病的官方名称的，这种新疾病正在使中国无法正常行动，并威胁着世界的其他区域。昨天{本文原文发布于2.12，更新于2.13}在日内瓦举行的世卫组织（WHO）每日疫情新闻发布会上的命名结束了六周来人们不确定对该疾病如何称呼的情况——但也造成了一些新的混乱。
COVID-19是该病的名字，而不是引起它的病毒的名字，它直到现在还在用一个临时的名字，2019-nCoV，这意味着它是去年出现的一种新型冠状病毒。但甚至在Tedros完成了他的记者招待会之前，病原体也得到了一个新的命名，他通过负责分类和命名病毒的body，通过一个在BioRixv上发布的预印本给出的。{这句话翻译不出来……原文But the pathogen also got a new designation, which arrived before Tedros had even finished his press conference, by way of a preprint posted on bioRxiv by the body charged with classifying and naming viruses.}文章指出，国际病毒分类委员会冠状病毒研究小组（CSG）已经决定，该病毒是导致2002-03年爆发严重急性呼吸综合征（SARS）的冠状病毒的变种。因此，新的病原体被命名为严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2），或SARS-CoV-2。
但这不是一个让WHO满意的名字，该机构也不打算采用这个名字。世卫组织发言人在给《Science》的一封电子邮件中写道：“从风险沟通的视角来看，使用SARS这个名字可能会在给一些人造成不必要的恐慌这方面，造成意料之外的后果，特别是在2003年受SARS疫情影响最严重的亚洲。”“出于这个原因和其他原因，在公共通信中，WHO会提到‘负责COVID-19的病毒’或‘COVID-19病毒’，但这两个名称都不打算作为病毒官方名称的替代”，这是研究组选择的。{原文”这是研究组选择的“看起来像是定语从句，不过在引号外面了，考虑语序没用翻译到引号进去，应该是指SARS-CoV-2这个名称}
对病毒和疾病名称的误解几乎立即就发生了。听了Tedros的记者招待会的记者发推特说，病毒终于有了一个名字，COVID-19，不久后才自我纠正。尽管命名是一个小问题，相较于日益扩大的公共卫生危机，但一些病毒学家也对这些看似矛盾的声明吃了一惊。Erasmus医学中心的Marion Koopmans在推特上写道：“好吧，一天内，同一个病毒，有两个名字。听起来有些人需要见个面找出问题。”
“我承认这有点令人困惑，”莱顿大学病毒学家Alexander Gorbalenya这样说，他是CSG的成员，也是关于病毒的BioRxiv手稿的第一作者。“解释复杂，有些人可能没有足够的耐心。”
这种差异来自WHO和CSG的方法完全不同。WHO的一位发言人说，WHO的专家没有与中国官员磋商，WHO称该病遵循了一些普遍接受的原则。疾病名称不能指人、人群或地理位置，这可能是侮蔑；它们也不应该包括动物名称，这可能导致误导，因为一些动物病毒跨物种成为人类病原体，正如SARS-CoV-2。WHO选择的名字，COVID-19，是2019年冠状病毒病的简称。（该病毒已知的第一例肺炎病例发生在中国武汉，2019年12月）这个名字不会冒犯任何人，而且如果其他冠状病毒在未来几年从动物跨物种到人类身上，可以循环使用。
对于这种病毒，CSG采取了一种科学的方法，它的主席，吉森大学的病毒学家John Ziebuhr说。根据最近的基因组测序，这种新病毒与引起2002-03年SARS疫情的病毒属于同一个species，这种病毒被称为SARS相关冠状病毒。（乌得勒支大学的Raoul de Groot也是CSG的成员，他说：“species”在病毒中很难定义，因为病毒的基因组一直在变化，但是Gorbalenya的团队已经为冠状病毒设计了一个这样的系统，这在2012年的两篇论文中都有描述，这是普遍接受的。）{这点应该说明一下，普通的物种定义为没有生殖隔离的群体，但是病毒显然很难这么做。}
Ziebuhr说，这种病毒对世界其他领域来说是新的，但对分类学者来说并不是真的新的，所以它没有自己的名字。取而代之的是，委员会在取自武汉和其他地方的病人的病毒后面添加了一个“2”。
这不是第一次病毒和疾病有不同的名称：例如，天花病毒（variola virus）引起天花（smallpox），艾滋病（AIDS）是由艾滋病毒（HIV）引起的。{翻译过来之后，这个例子变得很蠢了……所以带上了原本的英文}
Ziebuhr说，WHO已经通知他，这个名字在中国并不合适，中国一直抵制将当前的危机与创伤性非典疫情进行任何比较，后者也首先在中国出现——即使仅仅是因为新病毒的死亡率似乎较低，而且往往导致轻症疾病的话。“重点的是要明确，这个名字不是指这种病毒引起的疾病。这个名字和非典型肺炎没有联系。这就是WHO面临的困难，” Ziebuhr说。他指出，中国研究人员在蝙蝠和其他动物身上发现的数百种其他病毒都有相同的物种名称。
【当时我翻译论文的时候，也是因为这些病毒被称作SARS-rCoV，我没法说明它们没关系，所以才停止的，侵权什么的只是小问题undefined。】
明尼苏达大学传染病研究与政策中心主任Mike Osterholm说，他也不会使用SARS-CoV-2这个名字。Osterholm说：“我们不相信这是一个准确的名字，在事实上把一种完全不同的疾病（SARS）和这个疾病（COVID-19）混淆了。”但Ziebuhr说，许多其他研究人员可能会开始使用这个新名字。他说：“我从包括中国科学家在内的许多同事那里得到了积极反应……使我相信，SARS-CoV-2这个名字将在很短的时间内被研究界和其他领域广泛接受。”
两个名字几乎同时出现似乎是巧合。Gorbalenya说他在星期五把手稿寄给bioRxiv。昨天下午，当它还没有出现在网上时，他发了一封电子邮件，询问为什么会出现延迟。他说：“然后一个小时内就发布出来了。但我不知道WHO也会宣布。”
Ziebuhr说，CSG还将这份手稿提交给了一家杂志出版，该杂志又将手稿寄给了WHO。（科学出版商已同意立即与WHO分享有关该病毒的任何新信息。）但WHO发言人说，WHO宣布这一消息的时间未受手稿送达的影响。
Ziebuhr曾希望与WHO协调其小组的工作，正如2012年在沙特阿拉伯出现的中东呼吸综合征相关冠状病毒（MERS-CoV）一样。那时，WHO和沙特政府以及其他利益相关者共列一堂，这实际上是一个联合声明。（合作伙伴们都同意对无地点规则破例，认为中东地区足够大，没有哪个特定群体会受到羞辱。）
Ziebuhr说，这种协调现在根本不可能。他说：“WHO被发生的事情搞得不知所措，没有时间。”但齐布尔说，这个名字需要“走出去”。“科学家希望有明确的指导。”
世卫组织疾病咨询委员会成员Koopmans说，“理想情况下，这些病毒的释放是协调的。”昨天发生的事情“有点混乱”，Koopmans补充说，过去两天，他参加了在日内瓦举行的一次会议，为新病毒确定了研究重点。但她并不认为这是个大问题。
Osterholm说：“我发现整个命名过程都很不幸，因为很明显，尽管两个小组都知道他们各自都在从事这一工作，但几乎没有协调。我们希望重新考虑病毒和疾病的命名，并作出新的努力来调和两者，从而让它们更相似、更能描述这种病毒对人类的影响，以及它在冠状病毒病毒学中的地位。”

【关于命名问题的更新】

https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200217-sitrep-28-covid-19.pdf?sfvrsn=a19cf2ad_2

关于WHO公布的疫情信息{实际上和大家看的疫情地图没区别 undefined}

【关于突然出现的新阴谋论（所谓的“俄罗斯卫生部官方认证新冠病毒为人造”）虽然我觉得这种事大家应该都习惯了。现在还不明确是那个网友无意间翻译错了，还是有意的undefined官方也给出辟谣了，相关内容直接百度就行。】
【由于本人不懂俄语，所以在这里也给不出什么证据。不过，2月20号从2月3号的官方公告里找到“重大发现”总感觉比较玄幻（也许阴谋论换语言了，就是因为懂英语的太多了，不过其实懂俄语的也不少undefined）】

近期有《新型冠状病毒肺炎死亡尸体系统解剖大体观察报告》发布，这是首例新冠病毒肺炎逝者遗体解剖报告，可以在法医学杂志官网下载浏览——不过我是看不懂，涉及专业知识，且考虑到相关图片所以不加转发，而且这个是国内的杂志，只需直接百度即可找到。进行尸检的意义也可以直接百度了解。
【向遗体捐献者和尸检工作者致敬。】

有一说一，如果某些人能有这种精神，也不至于现在的信息乱成这样

【难道论坛是不会翻页的吗……】

{关于某神医……我想说一下，你们可能没听说过“顺势疗法”，这是一种伪科学，（或者更正式一点，一种“替代疗法”，同类的还有催眠，冥想，按摩之类）注射稀释苯酚的思路与此很接近，在穴位注射则属于套上中医外皮（因为我个人是反对中医的，所以对此很不感冒。另外我也觉得“中药吊瓶”也是坑人害命的玩意。这些想法肯定是有个人情感因素在里面的，不过这样想的也不止我一个（虽然坚持这样说的人很少），反正看看就好。）总之，看起来……用正常的思路无法理解。如果真的要这么治疗，那是对患者不负责任。}

xhh小外 有一说一，如果某些人能有这种精神，也不至于现在的信息乱成这样

{简单说的话，这位当时发了一篇文章，认为疫情不该是言论审查（暗指隐瞒实情）的时机，在那时美国还没出这种事。现在美国出现了政客抢先科学家发表言论的事例，所以他们会在近期再发布新的文章。并且向所有订阅了science news的人发了这封信}

{关于最近热传的群体免疫，因为我个人很反对这种做法，所以也很难公正的评价。不过我最主要的理由是，现在存在出院复阳的情况，虽然更可能是由于出院时检测假阴性（就是其实从来就没有病愈），但的确可能是人体对此次病毒，病愈之后没有抵抗力，在这种条件下，群体免疫变得一文不值——尽管即使终身免疫我也不觉得这思路有用，但依靠“觉得”本身不是一个合理的态度，如果经过科学的计算（注：不是开会）能得到这一手段可能有用，那么应该相信科学……好像扯远了。}
{有一篇10.1101/2020.03.13.990226v1，在科普文章中看到，文中是以猴子为实验对象，证明病愈后有免疫力。猴子是灵长类嘛，可以说是比较有说服力的证据。不过这个是预印本文章，没有足够的信息，我完全无法对其可靠性做出判断（scihub最近又上不去了，也没有校园网，也没有梯子）}

xhh小外 {关于最近热传的群体免疫，因为我个人很反对这种做法，所以也很难公正的评价。不过我最主要的理由是，现在存在出院复阳的情况，虽然更可能是由于出院时检测假阴性（就是其实从来就没有病愈），但的确可能是人体对此 ...

昨天刚刚提到的内容，今天就把编辑开除了……